肖云，教授，博士研究生，英国beat365官方网站入口副经理。
办公地址：分子生物学馆104，
E-mail：xiaoyun@ems.hrbmu.edu.cn，
主要研究方向
癌症演化组学大数据研究。
个人简介
肖云，教授，博士生导师，英国beat365官方网站入口副经理。2007年参加工作，2012年晋升为副教授，2017年晋升为教授。先后担任黑龙江省领军人才梯队后备带头人、黑龙江省“龙江学者”青年学者、黑龙江省“头雁”计划骨干成员、中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会委员、中华预防医学会生物信息学分会委员、黑龙江省生物信息学学会秘书长、黑龙江省人工智能学会理事、国自然科学基金函评专家，国际著名杂志《Frontiers in Genetics - Bioinformatics and Computational Biology》杂志副主编、《Molecular Medicine Reports》杂志编委、《International Journal of Genetics Frontiers》杂志编委以及《Nucleic Acids Research》、《Bioinformatics》、《Briefings in Bioinformatics》等国际期刊论文评审专家。先后获得黑龙江省级优秀青年人才、黑龙江省高校青年创新人才、哈尔滨市青年科技人才、校级十大杰出青年专家、“三育人”先进个人、“伍连德”杰出青年人才、青年科技工作者等荣誉称号。主要从事以肿瘤演化为核心的生物信息学研究，以第一作者或通讯作者身份发表SCI论文66篇，全部论文累计他引近三千次。先后承担国家自然基金重点支持项目、面上项目、黑龙江省优秀青年项目等科研课题22项。教学工作中，在本科阶段开展《生物信息学基础》、《生物信息学前沿进展》、《生物医学大数据技术》、《生物数据可视化》等“基础理论-专业知识-实践技能”一体化系列专业课程；在研究生阶段开展《大数据组学信息学》、《大数据与精准医学前沿进展》等应用型课程。作为主要参加者编写国家卫生部规划教材《生物信息学》、《生物信息学学习指导与习题集》（第1、2版）和生物医学专业教材《生物信息学理论与医学实践》 ，受Springer出版社邀请编写《Non-coding RNAs in Complex Diseases》等近10部教材与专著。主持和参加国家级教学课题1项、省级课题3项。指导12届70余名本科生（包括2名职工）顺利完成毕业设计，多次被评为校优秀本科毕业生指导教师，学生论文多次被评为优秀毕业论文，培养的毕业生被英国beat365官方网站入口、清华大学、北京大学、复旦大学和同济大学等知名院校录取为研究生继续深造。辅导及协助辅导12届30多名硕博研究生顺利毕业，指导研究生发表多篇高水平SCI论文并多次获得国家奖学金和优秀毕业生称号。
教育经历
1）2007.09-2010.06，英国beat365官方网站入口，生物物理学，博士
2）2000.09-2007.07，英国beat365官方网站入口基础医学院，基础医学专业，本硕连读
工作经历
1)2019.06-至今英国beat365官方网站入口副经理、生物医学大数据研究中心副主任、生物信息学教研室副主任.
2)2017.09-至今，英国beat365官方网站入口，教授
3)2015.09-2019.06英国beat365官方网站入口，生物医学大数据研究中心副主任、生物信息学教研室副主任
4)2014.09-2015.09英国beat365官方网站入口，生物信息学教研室副主任、科研及产业秘书
5)2012.09-2017.08英国beat365官方网站入口，副教授
6)2009.09-2012.08英国beat365官方网站入口，讲师
7)2007.07-2009.08英国beat365官方网站入口，助教
个人荣誉：
1)龙江学者青年学者，2019年，黑龙江省教育厅；
2)全国大学生数学建模竞赛黑龙江赛区一等奖（指导老师），2015年，黑龙江省教育厅、中国工业与应用数学学会；
3)全国大学生数学建模竞赛黑龙江赛区一等奖（指导老师），2017年，黑龙江省教育厅、中国工业与应用数学学会；
4)第二届“建行杯”黑龙江省“互联网+”大学生创新创业大赛二等奖（指导老师），2016年，黑龙江省教育厅；
5)第十四届哈尔滨市青年科技奖，2018年，哈尔滨市青年科技奖评审工作领导小组；
6)“三育人”工作先进个人，2016年，英国beat365官方网站入口；
7)英国beat365官方网站入口青年五四奖章，2019年，共青团英国beat365官方网站入口委员会；
8)英国beat365官方网站入口十大杰出青年专家，2017年，共青团英国beat365官方网站入口委员会；
9)英国beat365官方网站入口优秀本科生论文指导教师，2013-2019年，英国beat365官方网站入口；
学术兼职：
1）黑龙江省生物信息学学会秘书长；
2）国自然科学基金会评和函评专家；
3）生物医学工程学科后备带头人；
4）中华预防医学会生物信息学分会委员；
5）中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会委员；
6）《Molecular Medicine Reports》和《International Journal of Genetics Frontiers》杂志编委
科研项目（仅列国家级）：
1. 国家高技术研究发展计划（863计划）：
人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设(2014AA021102)，1000万，参与骨干。
2.国家重点基础研究发展计划（973计划）：
衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研究(2014CB910504),180万，参与骨干。
3.国家重点研发计划：
灵长类增龄相关健康状态减损的生物学基础(2018YFC2000100)，247.5万，参与骨干。
4.国家自然科学基金项目（负责人4项）
1)联合基金重点支持项目：融合寒地高发恶性肿瘤组学数据识别癌症演化早期重要驱动因子(U21A20196)，260万；
2)面上项目：基于癌症克隆进化解析癌基因的功能异质性(31871336)， 60万；
3)面上项目：解析人类癌症风险非编码RNA（miRNA/lncRNA）协同调控网络及其功能分析(61573122)，66万；
4)基金青年项目：整合多组学数据揭示胚胎干细胞特异的转录调控与染色质状态交联模式(31200997)，20万；
教学项目（仅列省部级）：
1)教育部第二批新工科研究与实践项目：多学科交叉融合的生物医学工程（药物组学信息学专业）人才培养模式研究与实践，2020年，中国教育部，核心参与人，在研；
2)黑龙江省教育科学“十四五”规划重点课题：基于生物医学大数据技术的生物信息学课程体系改革研究与实践，2020年，黑龙江省教育科学规划办，负责人，在研；
3)黑龙江省高校首批“新工科”研究与实践项目：多学科交叉融合的生物医学工程（药物组学信息学方向）人才培养模式探索与实践，2017年，黑龙江省教育厅，参与人，已结题；
4)黑龙江省高教学会“十三五”教育科研课题：面向高新技术产业需求的生物信息学专业公司产品模式研究，2016年，黑龙江省高教学会，参与人，已结题。
科研成果奖励：
1)中华医学科技奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路（pathway）识别，三等奖（2015年），中华医学会，排名第二；
2)黑龙江省政府科学技术奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路（pathway）识别方法研究，二等奖（2015年），排名第二；
3)黑龙江省高校科学技术奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路（pathway）识别方法研究，二等奖（2015年），排名第二；
4)2019年度中国生物信息学十大进展：人类和小鼠细胞标志物数据库-CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse，2020年，排名第一；
5)第十二届国际生物信息学论坛优秀专题报告奖：Identifying core gene modules in glioblastoma based on multilayer factor-mediated dysfunctional regulatory networks through integrating multi-dimensional genomic data，2015年，排名第一；
6)哈尔滨市自然科学技术学术成果奖：基于靶基因的逆向激活、共功能与高度互连识别胶质母细胞瘤中功能失调的miRNA-mRNA的调控模块，二等奖（2014年），排名第一；
教学成果奖励：
1)2019年度黑龙江省高等公司产品成果奖获奖一等奖：适应新医科发展理念，医工结合创办生物信息专业，2020年，排名第五；
2)学银在线慕课（第一期、第二期）：基于生命组学的生物信息学，2021年，排名第四；
3)英国beat365官方网站入口2019年度校级教学成果奖一等奖：适应新医科发展理念，医工结合创办生物信息专业，2019年，排名第五；
4)英国beat365官方网站入口2019年度校级教学成果奖二等奖：《生物信息学》课程科研教学一体化模式的研究与实践，2019年，排名第二；
参与编写教材
1)《生物信息学》（第2版），2015年，人民卫生出版社，主要参与者；
2)《生物信息学》（第1版），2010年，人民卫生出版社，主要参与者；
3)《生物信息学学习指导与习题集》（第2版），2016年，人民卫生出版社，编委；
4)《生物信息学学习指导与习题集》（第1版），2011年，人民卫生出版社，编委；
5)《Non-coding RNAs in Complex Diseases》，2018年，springer出版社，主编；
6)《生物信息学理论与医学实践》，2013年，人民卫生出版社，编委。
发表SCI论文99篇，（近5年SCI影响因子>10的19篇）：
1)Zhang X, Lan Y, Xu J, Quan F, Zhao E, Deng C, Luo T, Xu L, Liao G, Yan M, Ping Y, Li F, Shi A, Bai J, Zhao T, Li X, Xiao Y. CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D721-D8.(SCI: 19.16)
2)Xu L, Zhu S, Lan Y, Yan M, Jiang Z, Zhu J, Liao G, Ping Y, Xu J, Pang B, Zhang Y, Xiao Y, Li X. Revealing the contribution of somatic gene mutations to shaping tumor immune microenvironment. Brief Bioinform. 2022;23(3).(SCI: 13.994)
3)Yan M, Hu J, Yuan H, Xu L, Liao G, Jiang Z, Zhu J, Pang B, Ping Y, Zhang Y, Xiao Y, Li X. Dynamic regulatory networks of T cell trajectory dissect transcriptional control of T cell state transition. Mol Ther Nucleic Acids. 2021;26:1115-29.(SCI: 10.183)
4)Wu J, Zhang L, Song Q, Yu L, Wang S, Zhang B, Wang W, Xia P, Chen X, Xiao Y, Xu C. Systematical identification of cell-specificity of CTCF-gene binding based on epigenetic modifications. Brief Bioinform. 2021;22(1):589-600.(SCI: 13.994)
5)Ping Y, Zhou Y, Hu J, Pang L, Xu C, Xiao Y. Dissecting the Functional Mechanisms of Somatic Copy-Number Alterations Based on Dysregulated ceRNA Networks across Cancers. Mol Ther Nucleic Acids. 2020;21:464-79.(SCI: 10.183)
6)Zhang X, Quan F, Xu J, Xiao Y, Li X, Li Y. Combination of multiple tumor-infiltrating immune cells predicts clinical outcome in colon cancer. Clin Immunol. 2020;215:108412.(SCI: 10.19)
7)Zhao H, Shi J, Zhang Y, Xie A, Yu L, Zhang C, Lei J, Xu H, Leng Z, Li T, Huang W, Lin S, Wang L, Xiao Y, Li X. LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases. Nucleic Acids Res. 2020;48(D1):D118-D26.(SCI: 19.16)
8)Yu F, Quan F, Xu J, Zhang Y, Xie Y, Zhang J, Lan Y, Yuan H, Zhang H, Cheng S, Xiao Y, Li X. Breast cancer prognosis signature: linking risk stratification to disease subtypes. Brief Bioinform. 2019;20(6):2130-40.(SCI: 13.994)
9)Zhang Y, Liao G, Bai J, Zhang X, Xu L, Deng C, Yan M, Xie A, Luo T, Long Z, Xiao Y, Li X. Identifying Cancer Driver lncRNAs Bridged by Functional Effectors through Integrating Multi-omics Data in Human Cancers. Mol Ther Nucleic Acids. 2019;17:362-73.(SCI: 10.183)
10)Zhang H, Liao J, Zhang X, Zhao E, Liang X, Luo S, Shi J, Yu F, Xu J, Shen W, Li Y, Xiao Y, Li X. Sex difference of mutation clonality in diffuse glioma evolution. Neuro Oncol. 2019;21(2):201-13.(SCI: 13.029)
11)Deng Y, Luo S, Deng C, Luo T, Yin W, Zhang H, Zhang Y, Zhang X, Lan Y, Ping Y, Xiao Y, Li X. Identifying mutual exclusivity across cancer genomes: computational approaches to discover genetic interaction and reveal tumor vulnerability. Brief Bioinform. 2019;20(1):254-66.(SCI: 13.994)
12)Yuan H, Yan M, Zhang G, Liu W, Deng C, Liao G, Xu L, Luo T, Yan H, Long Z, Shi A, Zhao T, Xiao Y, Li X. CancerSEA: a cancer single-cell state atlas. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D900-D8.(SCI: 19.16)
13)Xu L, Deng C, Pang B, Zhang X, Liu W, Liao G, Yuan H, Cheng P, Li F, Long Z, Yan M, Zhao T, Xiao Y, Li X. TIP: A Web Server for Resolving Tumor Immunophenotype Profiling. Cancer Res. 2018;78(23):6575-80.(SCI: 13.312)
14)Xu J, Shi A, Long Z, Xu L, Liao G, Deng C, Yan M, Xie A, Luo T, Huang J, Xiao Y, Li X. Capturing functional long non-coding RNAs through integrating large-scale causal relations from gene perturbation experiments. EBioMedicine. 2018;35:369-80.(SCI: 11.205)
15)Zhang H, Luo S, Zhang X, Liao J, Quan F, Zhao E, Zhou C, Yu F, Yin W, Zhang Y, Xiao Y, Li X. SEECancer: a resource for somatic events in evolution of cancer genome. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D1018-D26.(SCI: 19.16)
16)Zhang G, Shi J, Zhu S, Lan Y, Xu L, Yuan H, Liao G, Liu X, Zhang Y, Xiao Y, Li X. DiseaseEnhancer: a resource of human disease-associated enhancer catalog. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D78-D84.(SCI: 19.16)
17)Xing W, Xiao Y, Lu X, Zhu H, He X, Huang W, Lopez ES, Wong J, Ju H, Tian L, Zhang F, Xu H, Wang SD, Li X, Karin M, Ren H. GFI1 downregulation promotes inflammation-linked metastasis of colorectal cancer. Cell Death Differ. 2017;24(5):929-43.(SCI: 15.828)
18)Xu J, Bai J, Zhang X, Lv Y, Gong Y, Liu L, Zhao H, Yu F, Ping Y, Zhang G, Lan Y, Xiao Y, Li X. A comprehensive overview of lncRNA annotation resources. Brief Bioinform. 2017;18(2):236-49.(SCI: 13.994)
19)Zhang H, Deng Y, Zhang Y, Ping Y, Zhao H, Pang L, Zhang X, Wang L, Xu C, Xiao Y, Li X. Cooperative genomic alteration network reveals molecular classification across 12 major cancer types. Nucleic Acids Res. 2017;45(2):567-82.(SCI: 19.16)
