人员组成

张欣欣

时间:2023-02-01 点击数:


张欣欣,讲师,博士研究生。

办公地址:分子生物学馆106。

E-mail:zhangxinxin@hrbmu.edu.cn


主要研究方向

癌症组学大数据研究

张欣欣,副教授,博士生导师。以癌症为核心的多组学大数据生物信息学研究,利用单细胞测序和高通量测序技术所检测多组学数据,系统地解析瘤内肿瘤细胞与免疫细胞的异质性,构建以肿瘤浸润免疫细胞为核心的风险预后因子,并解析驱动基因克隆性对癌症预后的影响,从而服务于肿瘤精准医学发展。累计发表SCI论文19篇,其中,以第一作者或通讯作者身份在国际重要学术期刊《Nucleic Acids Research》(SCI IF:19.16,2篇)、《Briefings in bioinformatics》(SCI IF:13.994,1篇)、《Cancer research》(SCI IF:13.312,1篇)、《Neuro-oncology》(SCI IF:13.029,1篇)、《Clinical Immunology》(SCI IF:10.19,1篇)等发表SCI论文11篇,累积影响因子189.769,研究成果CellMarker数据资源被评为2019年度中国生物信息学十大进展和十大数据库,所开发的生物医学大数据平台已累计被110多个国家超过30万次的访问。主持国家自然基金青年项目、中国博士后面上资助项目、黑龙江省博士后科学基金和英国beat365官方网站入口创新课题项目4项,并作为核心骨干参与国家自然科学基金联合基金重点支持项目1项、面上项目3项、青年项目2项和省级教育规划课题1项。

教育经历

1)2015-09至2020-06,英国beat365官方网站入口,生物医学工程,博士,导师:李霞、李亦学

2)2010-09至2015-06,英国beat365官方网站入口,生物信息学,学士

工作经历

2020-09-至今,英国beat365官方网站入口,英国beat365官方网站入口,讲师

个人荣誉

1)第二届“建行杯”黑龙江省“互联网+”大学生创新创业大赛二等奖,2016年,黑龙江省教育厅

2)黑龙江省普通高等学校“三好学生”荣誉称号,2017年,黑龙江省教育厅

3)英国beat365官方网站入口研究生“三好学生”,2017,英国beat365官方网站入口

科研项目

1.主持科研项目

1)国自然青年项目:融合肿瘤组学数据识别体细胞突变重塑免疫微环境的重要关系模块(32200541),30万;

2)中国博士后面上资助项目:整合多组学数据解析癌症进化的关键lncRNA (2020M681118),8万;

3)黑龙江省博士后科学基金:基于多组学数据解析癌症演化的关键lncRNA (LBH-Z20166),5万;

2.参与科研项目

1)联合基金重点支持项目:融合寒地高发恶性肿瘤组学数据识别癌症演化早期重要驱动因子(U21A20196),260万,参与骨干

2)面上项目:基于癌症克隆进化解析癌基因的功能异质性(31871336), 60万,参与骨干

3)面上项目:解析增强子变异与长链非编码RNA介导的癌症竞争性内源ceRNA网络及其功能研究(32070673),58万,参与骨干

4)面上项目:基于肿瘤演化识别局部晚期结肠癌新辅助治疗应答分子标志物的研究(62276084),53万,参与骨干

主持及参与教学项目

1)黑龙江省教育科学“十四五”规划重点课题:基于生物医学大数据技术的生物信息学课程体系改革研究与实践,2020年,黑龙江省教育科学规划办,核心参与人,在研;

科研成果奖励

1)2019年度中国生物信息学十大进展:人类和小鼠细胞标志物数据库-CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse,2020年;

2)2019年度中国生物信息学十大数据库:CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse,2020年;

教学成果奖励

1)哈尔滨医科讲课大赛三等奖,2021

指导学生获奖

1.2021年指导本科学生荣获东北三省数学建模联赛一等奖

发表SCI论文19篇,(其中一作和通讯11篇

1)Zhang X,Lan Y, Xu J, Quan F, Zhao E, Deng C, Luo T, Xu L, Liao G, Yan M, Ping Y, Li F, Shi A, Bai J, Zhao T, Li X, Xiao Y. CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D721-D8.(SCI: 19.16)

2)Zhang X, Quan F, Xu J, Xiao Y, Li X, Li Y. Combination of multiple tumor-infiltrating immune cells predicts clinical outcome in colon cancer. Clin Immunol. 2020;215:108412.(SCI: 10.19)

3)Wang Z, Xing K, Zhang B, Zhang Y, Chai T, Geng J,Qin, X,Zhang X, Xu C. Identification of Prognostic Gene Signatures by Developing a scRNA-Seq-Based Integration Approach to Predict Recurrence and Chemotherapy Benefit in Stage II-III Colorectal Cancer. Int J Mol Sci. 2022;23(20).(SCI: 6.208)

4)Lan Y, Liu W, Hou X, Wang S, Wang H, Deng M, Wang G, Ping Y,Zhang X.Revealing the functions of clonal driver gene mutations in patients based on evolutionary dependencies. Hum Mutat. 2022.(SCI: 4.7)

5)Zhang X, Xu J, Lan Y, Guo F, Xiao Y, Li Y, Li X.. Transcriptome analysis reveals a reprogramming energy metabolism-related signature to improve prognosis in colon cancer. PeerJ. 2020;8:e9458.(SCI: 3.061)

6)Zhang H, Luo S,Zhang X, Liao J, Quan F, Zhao E, Zhou C, Yu F, Yin W, Zhang Y, Xiao Y, Li X. SEECancer: a resource for somatic events in evolution of cancer genome. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D1018-D26.(SCI: 19.16)

7)Xu L, Deng C, Pang B,Zhang X, Liu W, Liao G, Yuan H, Cheng P, Li F, Long Z, Yan M, Zhao T, Xiao Y, Li X. TIP: A Web Server for Resolving Tumor Immunophenotype Profiling. Cancer Res. 2018;78(23):6575-80.(SCI: 13.312)

8)Zhang H, Liao J,Zhang X, Zhao E, Liang X, Luo S, Shi J, Yu F, Xu J, Shen W, Li Y, Xiao Y, Li X. Sex difference of mutation clonality in diffuse glioma evolution. Neuro Oncol. 2019;21(2):201-13.(SCI: 13.029)

9)Zhang Y, Liao G, Bai J,Zhang X, Xu L, Deng C, Yan M, Xie A, Luo T, Long Z, Xiao Y, Li X. Identifying Cancer Driver lncRNAs Bridged by Functional Effectors through Integrating Multi-omics Data in Human Cancers. Mol Ther Nucleic Acids. 2019;17:362-73.(SCI: 10.183)

10)Xu J, Bai J,Zhang X, Lv Y, Gong Y, Liu L, Zhao H, Yu F, Ping Y, Zhang G, Lan Y, Xiao Y, Li X. A comprehensive overview of lncRNA annotation resources. Brief Bioinform. 2017;18(2):236-49.(SCI: 13.994)

11)Deng Y, Luo S,Zhang X, Zou C, Yuan H, Liao G,XuL, Deng C, Lan Y, Zhao T, Gao X, Xiao Y, Li X. A pan-cancer atlas of cancer hallmark-associated candidate driver lncRNAs. Molecular oncology. 2018;12(11):1980-2005.(SCI: 7.449)

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