徐娟，教授，博士研究生，英国beat365官方网站入口副经理。
办公地址：分子生物211
E-mail：xujuanbiocc@ems.hrbmu.edu.cn
主要研究方向
生物信息学；计算表观遗传学
个人简介
徐娟，教授、博士、硕士生导师。2006年，进入英国beat365官方网站入口开始研究生学习，2008年保送博士，于2011年完成硕士及博士学位，获省优秀毕业研究生并留校任教。2012年破格晋升为副教授，2017年晋升为教授。先后担任生物医学工程学科后备带头人、学院副经理、中国生物信息学学会重大疾病组学信息学专委会秘书长、黑龙江省生物信息学学会副理事长、省头雁团队骨干成员、国家级人才评选和国自然科学基金函评专家，国际著名杂志《Oncogene》、《Briefings in Bioinformatics》、《Journal of Cellular and Molecular Medicine》等论文评审专家等。近几年获得青年长江学者，霍英东青年教师奖、黑龙江省杰出青年、省青年科技人才、省普通本科高等学校青年创新人才、哈尔滨科技创新人才、于维汉院士杰出青年人才、校级教学能手、优秀教师、师德师风建设标兵等称号。工作在教学第一线。为本学院三个专业（生物信息学、生物技术、生物医学工程）本科生主讲《基因组信息》、《蛋白质组信息学》、《生物信息学》等多门专业课程；也为硕士和博士研究生讲授全国首开的专业课程《功能基因组学》和《复杂疾病ncRNA协同调控分析技巧》。已指导10届近50人的本科学业指导，12届近60余人的本科毕业设计，多次被评为校优秀本科毕业生指导教师。已连续7年招收硕士研究生，并辅助指导11届博士和硕士研究生，辅助导师指导的博士生获黑龙江省优秀毕业研究生称号及国家奖学金等，毕业后发展良好。积极开展公司产品研究项目，主持和参加国家级教学课题1项和省级课题4项，涵盖教学体系、混合教学模式和学科竞赛组织、新工科等方面，改革效果良好，参获省教学成果一等奖，校教学成果等共5项，在国家级、省级刊物上发表教学研究论文多篇。应世界著名的施普林格科技出版集团和诺贝奖获得者IRUN R.COHEN教授的邀请，参与撰写实验医学和生物学前沿进展系列丛书，以第二主编编写英文专著《Non-coding RNAs in Complex Diseases: A Bioinformatics Perspective》。作为主要参加者编写国家级规划教材《生物信息学》（第二版），还参与编写高等医学院校本科规划教材“十三五”全国高等医学院校本科规划教材和研究生教材各1部，并受Springer出版社邀请编写《Functional Genomics》第三版等10余部教材与专著。
教育经历
1) 2006/08-2011/06，英国beat365官方网站入口，生物物理专业，博士（理学）
2) 2002/08-2006/06，陕西师范大学数学与信息科学学院，信息与计算科学专业，学士（理学）
工作经历
1) 2018年8月-至今，英国beat365官方网站入口英国beat365官方网站入口，学院副经理、表观遗传学教研室主任
2) 2017年8月-至今，英国beat365官方网站入口英国beat365官方网站入口，教授
3) 2016年8月-2018年7月，英国beat365官方网站入口英国beat365官方网站入口，学院教学负责人、计算生物学教研室主任
4) 2012/08-2014/07，英国beat365官方网站入口英国beat365官方网站入口，副教授
5) 2011/08-2012/07，英国beat365官方网站入口英国beat365官方网站入口，讲师
个人荣誉：
1)长江学者奖励计划青年学者，2019年，中华人民共和国教育部，徐娟；
2)霍英东青年教师奖，2018年，教育部霍英东教育基金会，徐娟；
3)黑龙江省青年科技奖，2017年，中共黑龙江省政府组织部，徐娟；
4)数学建模竞赛国际特等奖提名（指导教师），2020年，美国数学建模竞赛，徐娟；
5)数学建模竞赛国际一等奖（指导教师），2021年，美国数学建模竞赛，徐娟；
6)数学建模竞赛国际二等奖（指导教师），2018年，美国数学建模竞赛，徐娟；
7)数学建模竞赛省二等奖（指导教师），2018年，中国数学建模竞赛，徐娟；
8)国际三等奖（指导教师），2022年，美国数学建模竞赛，徐娟；
9)黑龙江省优秀毕业研究生, 2011年，黑龙江省；
10)英国beat365官方网站入口师德先进个人，2019年，英国beat365官方网站入口；
11)英国beat365官方网站入口教学能手，2018年，英国beat365官方网站入口；
12)英国beat365官方网站入口青年五四奖章，2017年，英国beat365官方网站入口；
13)英国beat365官方网站入口青年科技人才奖，2017年，英国beat365官方网站入口；
14)英国beat365官方网站入口师德师风建设标兵，2016年，英国beat365官方网站入口；
15)英国beat365官方网站入口优秀教师，2016年，英国beat365官方网站入口；
16)英国beat365官方网站入口优秀本科生论文指导教师，2013-2021年，英国beat365官方网站入口；
学术兼职：
1）生物医学工程学科后备带头人；
2）中国生物信息学学会重大疾病组学信息学专委会秘书长；
3）黑龙江省生物信息学学会副理事长；
4）国家级人才评选和国自然科学基金函评专家。
教学项目（仅列省部级）：
1)黑龙江省高教学会“十三五”规划课题：多学科交叉融合的生物信息学本科专业创新教学体系研究与实践，2018年，黑龙江省教育厅，负责，已结题；
2)教育部第二批新工科研究与实践项目：多学科交叉融合的生物医学工程（药物组学信息学专业）人才培养模式研究与实践，2020年，教育部，参与人，在研；
3)黑龙江省新工科研究与实践项目：多学科交叉融合的生物医学工程（药物组学信息学方向）人才培养模式探索与实践，2017年，黑龙江省教育厅，第一参与人，已结题；
4)黑龙江省高等公司产品改革研究一般研究项目：生物信息学专业教育混合创新教学模式的研究，2017年，黑龙江省教育厅，第一参与人，已结题；
5)黑龙江省高等公司产品改革研究一般研究项目：基于智慧教学+CDIO理念的大学生数学建模培训实践与研究，2019年，黑龙江省教育厅，第一参与人，在研。
科研项目（仅列国家级）：
1. 国家高技术研究发展计划（863计划）：
人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设(2014AA021102)，830万，参与骨干。
2.国家重点基础研究发展计划（973计划）：
衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研究(2014CB910504),356万，参与骨干。
3.国家重点研发计划：
1) 重大慢性非传染性疾病防控研究，动脉粥样硬化与心力衰竭的动态演变特征和分子基础研究，骨干。
2) 主动健康和老龄化科技应对，增龄相关健康减损的生物学标志物研究，骨干。
4.国家自然科学基金项目（负责人4项）
1)面上项目：癌症免疫关键lncRNA-甲基化修饰调控模块优化及功能研究（32170676）, 2022年-2025年；
2)面上项目：恶性肿瘤关键突变介导的circRNA-lncRNA-miRNA多层次调控网络扰动模型构建及分析研究(31871338)，2019年-2022年；
3)面上项目：心血管发育与疾病中非编码RNA的表观遗传调控机制及其功能研究（31571331），2016年-2019年；
4)基金青年项目：基于生物数据融合的恶性肿瘤中miRNA- ceRNA复合协同调控模式的研究(61203264)，2013年-2015年；
科研成果奖励：
1)黑龙江省高校科学技术奖：基于生物数据融合的恶性肿瘤中miRNA- ceRNA复合协同调控模式的研究，一等奖（2019年），排名第一；
2)黑龙江省政府科学技术奖（自然类）：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，二等奖（2015年），排名第三；
3)中华医学科技奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，三等奖（2016年），排名第三；
4)黑龙江省高校科学技术奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，二等奖（2015年），排名第三；
5)哈尔滨市自然科学技术学术成果奖：基于miRNA-miRNA功能协同调控网络剖析疾病miRNA的拓扑特性，，一等奖（2012年），排名第一；
6)哈尔滨市自然科学技术学术成果奖：恶性胶质瘤进展相关的miRNA识别以及功能分析，二等奖（2014年），排名第二；
7)哈尔滨市自然科学技术学术成果奖：优化疾病风险miRNA基于其在miRNA-靶基因失调网络中的拓扑特征，优秀奖，（2012年），排名第一
教学成果奖励：
1)黑龙江省教学成果一等奖：适应新医科发展理念，医工结合创办生物信息专业，2020，排名第二；
2)黑龙江省教学成果二等奖：“科教融合、全程多元、知行合一”的生物信息学专业创新教学体系研究与实践，2022，排名第一；
3)英国beat365官方网站入口教学成果一等奖：“科教融合、全程多元、知行合一”的生物信息学专业创新教学体系研究与实践，2022，排名第一；
4)英国beat365官方网站入口教学成果一等奖：适应新医科发展理念，医工结合创办生物信息专业，2020，排名第二；
5)英国beat365官方网站入口教学成果二等奖：生物信息学专业教育混合创新教学模式的研究，2020，排名第一。
参与编写教材
1) 《ncRNA and complex disease》，2018年，Springer出版社，第二主编；
2) 《生物信息学》（第2版）（卫生部八年制规划教材），李霞 主编，2015年，人民卫生出版社，主要参与者；
3) 《生物信息学》（卫生部八年制规划教材），李霞主编，2010年，人民卫生出版社，主要参与者；
4) 《医用高等数学》（“十三五”全国高等医学院校本科规划教材），2018年，北京大学医学出版社，编委；
5) 《Computational epigenetics for breast cancer》，2019年，Elsevier出版社，编委；
6) 《Functional Genomics》（the third edition），2017年，springer出版社，编委；
7) 《Systems Biology in Cancer Research and Drug Discovery》，2012年，springer出版社，编委；
8) 《非编码微小分子RNA与心脏疾病-----基础研究与临床应用》，2017年，编委；
9) 《生物医学研究的统计方法》（第二版），高等教育出版社，2019年，编委。
发表SCI论文81篇，（近5年SCI影响因子>10的30余篇）：
1) Lv D, Chang Z, Cai Y, Li J, Wang L, Jiang Q, Xu K, Ding N, Li X,Xu J, Li Y. Translnc: A Comprehensive Resource for Translatable Lncrnas Extends Immunopeptidome.Nucleic acids research.2022;50:D413-D420.(SCI: 19.160)
2) Cai Y, Lv D, Li D, Yin J, Ma Y, Luo Y, Fu L, Ding N, Li Y, Pan Z, Li X,Xu J. Ieatlas: An Atlas of Hla-Presented Immune Epitopes Derived from Non-Coding Regions.Nucleic acids research.2022.(SCI: 19.160)
3)Xu J, Shao T, Song M, Xie Y, Zhou J, Yin J, Ding N, Zou H, Li Y, Zhang J. Mir22hg Acts as a Tumor Suppressor Via Tgfβ/Smad Signaling and Facilitates Immunotherapy in Colorectal Cancer.Molecular cancer.2020;19(1):51.
4) Lv D, Xu K, Yang C, Liu Y, Luo Y, Zhou W, Zou H, Cai Y, Ding N, Li X, Shao T, Li Y,Xu J. Pres: A Webserver for Decoding the Functional Perturbations of Rna Editing Sites.Briefings in bioinformatics.2022;23(4).(SCI: 41.444)
5) Li Y, Zhang Y, Pan T, Zhou P, Zhou W, Gao Y, Zheng S,Xu J. Shedding Light on the Hidden Human Proteome Expands Immunopeptidome in Cancer.Briefings in bioinformatics.2022;23(2).(SCI: 13.994)
6) Zhang J, Pan T, Zhou W, Zhang Y, Xu G, Xu Q, Li S, Gao Y, Wang Z,Xu J, Li Y. Long Noncoding Rna Linc01132 Enhances Immunosuppression and Therapy Resistance Via Nrf1/Dpp4 Axis in Hepatocellular Carcinoma.Journal of experimental & clinical cancer research : CR.2022;41(1):270.(SCI: 12.658)
7) Zhang C, Zhao N, Zhang X, Xiao J, Li J, Lv D, Zhou W, Li Y,Xu J, Li X. Survivalmeth: A Web Server to Investigate the Effect of DNA Methylation-Related Functional Elements on Prognosis.Briefings in bioinformatics.2021;22(3).(SCI: 13.994)
8) Xu K, Cai Y, Zhang M, Zou H, Chang Z, Li D, Bai J,Xu J, Li Y. Pan-Cancer Characterization of Expression and Clinical Relevance of Ma-Related Tissue-Elevated Long Non-Coding Rnas.Molecular cancer.2021;20(1):31.(SCI: 41.444)
9) Wang Z, Yin J, Zhou W, Bai J, Xie Y, Xu K, Zheng X, Xiao J, Zhou L, Qi X, Li Y, Li X,Xu J. Complex Impact of DNA Methylation on Transcriptional Dysregulation across 22 Human Cancer Types.Nucleic acids research.2020;48(5):2287-2302.(SCI: 19.160)
10) Li Y, Zhang Y, Li X, Yi S,Xu J. Gain-of-Function Mutations: An Emerging Advantage for Cancer Biology.Trends in biochemical sciences.2019;44(8):659-674.(SCI: 14.264)
11) Chen H, Xiao J, Shao T, Wang L, Bai J, Lin X, Ding N, Qu Y, Tian Y, Chen X, Liu H, Liu H,Xu J, Li X. Landscape of Enhancer-Enhancer Cooperative Regulation During Human Cardiac Commitment.Molecular therapy. Nucleic acids.2019;17:840-851.(SCI: 10.183)
12) Li Y, Jiang T, Zhou W, Li J, Li X, Wang Q, Jin X, Yin J, Chen L, Zhang Y,Xu J, Li X. Pan-Cancer Characterization of Immune-Related Lncrnas Identifies Potential Oncogenic Biomarkers.Nature communications.2020;11(1):1000.(SCI: 17.694)
13) Jiang T, Zhou W, Chang Z, Zou H, Bai J, Sun Q, Pan T,Xu J, Li Y, Li X. Immreg: The Regulon Atlas of Immune-Related Pathways across Cancer Types.Nucleic acids research.2021;49(21):12106-12118.(SCI: 19.160)
14) Li Y, Li L, Wang Z, Pan T, Sahni N, Jin X, Wang G, Li J, Zheng X, Zhang Y,Xu J, Yi S, Li X. Lncmap: Pan-Cancer Atlas of Long Noncoding Rna-Mediated Transcriptional Network Perturbations.Nucleic acids research.2018;46(3):1113-1123.(SCI: 19.160)
15) Lv D, Xu K, Jin X, Li J, Shi Y, Zhang M, Jin X, Li Y,Xu J, Li X. Lncspa: Lncrna Spatial Atlas of Expression across Normal and Cancer Tissues.Cancer research.2020;80(10):2067-2071.(SCI:13.312)
16) Li Y, Huo C, Pan T, Li L, Jin X, Lin X, Chen J, Zhang J, Guo Z,Xu J, Li X. Systematic Review Regulatory Principles of Non-Coding Rnas in Cardiovascular Diseases.Briefings in bioinformatics.2019;20(1):66-76.(SCI:13.994)
17) Jiang C, Ding N, Li J, Jin X, Li L, Pan T, Huo C, Li Y,Xu J, Li X. Landscape of the Long Non-Coding Rna Transcriptome in Human Heart.Briefings in bioinformatics.2019;20(5):1812-1825.(SCI:13.994)
18) Lu J,Xu J, Li J, Pan T, Bai J, Wang L, Jin X, Lin X, Zhang Y, Li Y, Sahni N, Li X. Facer: Comprehensive Molecular and Functional Characterization of Epigenetic Chromatin Regulators.Nucleic acids research.2018;46(19):10019-10033.(SCI: 19.160)
19) Zou H, Pan T, Gao Y, Chen R, Li S, Guo J, Tian Z, Xu G,Xu J, Ma Y, Li Y. Pan-Cancer Assessment of Mutational Landscape in Intrinsically Disordered Hotspots Reveals Potential Driver Genes.Nucleic acids research.2022;50(9):e49.(SCI: 19.160)
20) Lin X, Jiang T, Bai J, Li J, Wang T, Xiao J, Tian Y, Jin X, Shao T,Xu J, Chen L, Wang L, Li Y. Characterization of Transcriptome Transition Associates Long Noncoding Rnas with Glioma Progression.Molecular therapy. Nucleic acids.2018;13:620-632.(SCI: 10.183)
21) Shao T, Wang G, Chen H, Xie Y, Jin X, Bai J,Xu J, Li X, Huang J, Jin Y, Li Y. Survey of Mirna-Mirna Cooperative Regulation Principles across Cancer Types.Briefings in bioinformatics.2019;20(5):1621-1638.(SCI:13.994)
22) Han Z, Xu Z, Yu Y, Cao Y, Bao Z, Gao X, Ye D, Yan G, Gong R,Xu J, Zhang L, Ma W, Wang X, Yang F, Lei H, Tian Y, Hu S, Bamba D, Li Y, Li D, Li C, Wang N, Zhang Y, Pan Z, Yang B, Cai B. Alkbh5-Mediated Ma Mrna Methylation Governs Human Embryonic Stem Cell Cardiac Commitment.Molecular therapy. Nucleic acids.2021;26:22-33.(SCI: 10.183)
23) Zhang J, Li S, Zhang L,Xu J, Song M, Shao T, Huang Z, Li Y. Rbp Eif2s2 Promotes Tumorigenesis and Progression by Regulating Myc-Mediated Inhibition Via Fhit-Related Enhancers.Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy.2020;28(4):1105-1118.(SCI: 12.910)
24) Zhang M, Jin X, Li J, Tian Y, Wang Q, Li X,Xu J, Li Y, Li X. Cernaseek: An R Package for Identification and Analysis of Cerna Regulation.Briefings in bioinformatics.2021;22(3).(SCI:13.994)
25) Ding N, Zhang B, Ying W, Song J, Feng L, Zhang K, Li H,Xu J, Xiao T, Cheng S. A Time-Resolved Proteotranscriptomics Atlas of the Human Placenta Reveals Pan-Cancer Immunomodulators.Signal transduction and targeted therapy.2020;5(1):110.(SCI:38.104)
26) Li Y, McGrail D,Xu J, Mills G, Sahni N, Yi S. Gene Regulatory Network Perturbation by Genetic and Epigenetic Variation.Trends in biochemical sciences.2018;43(8):576-592.(SCI:14.264)
27) Han Z, Wang X, Xu Z, Cao Y, Gong R, Yu Y, Yu Y, Guo X, Liu S, Yu M, Ma W, Zhao Y,Xu J, Li X, Li S, Xu Y, Song R, Xu B, Yang F, Bamba D, Sukhareva N, Lei H, Gao M, Zhang W, Zagidullin N, Zhang Y, Yang B, Pan Z, Cai B. Alkbh5 Regulates Cardiomyocyte Proliferation and Heart Regeneration by Demethylating the Mrna of Ythdf1.Theranostics.2021;11(6):3000-3016.(SCI:11.600)
28) Cai B, Ma W, Ding F, Zhang L, Huang Q, Wang X, Hua B,Xu J, Li J, Bi C, Guo S, Yang F, Han Z, Li Y, Yan G, Yu Y, Bao Z, Yu M, Li F, Tian Y, Pan Z, Yang B. The Long Noncoding Rna Carel Controls Cardiac Regeneration.Journal of the American College of Cardiology.2018;72(5):534-550.(SCI:27.203)
29) Li Y, McGrail D,Xu J, Li J, Liu N, Sun M, Lin R, Pancsa R, Zhang J, Lee J, Wang H, Mills G, Li X, Yi S, Sahni N. Merit: Systematic Analysis and Characterization of Mutational Effect on Rna Interactome Topology.Hepatology (Baltimore, Md.).2019;70(2):532-546.(SCI:17.298)
30) Cai B, Ma W, Wang X, Sukhareva N, Hua B, Zhang L,Xu J, Li X, Li S, Liu S, Yu M, Xu Y, Song R, Xu B, Yang F, Han Z, Ding F, Huang Q, Yu Y, Zhao Y, Wang J, Bamba D, Zagidullin N, Li F, Tian Y, Pan Z, Yang B. Targeting Lncdach1 Promotes Cardiac Repair and Regeneration after Myocardium Infarction.Cell death and differentiation.2020;27(7):2158-2175.(SCI:12.067)
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